Il controller della mobo di norma è settato in auto e cambia a secondo di quale periferica esterna si collega, molto probabilmente l'interfaccia del tuo hd esterno non funziona sulle porte 3.0.
Non hai una pendrive 3.0 da provare? così vediamo se il problema è legato alla mobo o all'HD.
Se mi dici la versione bios che stai utilizzando posso controllare se è presente qualche cosa di anomalo.
Ultima cosa, ma questo problema era presente da sempre con quel HD oppure è recente?