puoi flashare tranquillamente la vga nel 2° slot pci-e, nel tuo caso la gts250, senza bisogno di smontarla e spostarla nel 1° slot, in questo caso avresti il vantaggio di poter avviare e vedere l'immagine a schermo con la 480...
questo il comando da usare:
nvflash -4 -5 -6 -i1 nomebiosgts250.rom
oppure:
nvflash -4 -5 -6 --index=1 nomebiosgts250.rom